甘肃省草食动物生物技术重点实验室下设4个功能实验室，即基因组室、繁殖调控室、产品分析室和转基因室。
基因组室：
以人类基因组学技术为基础，开展草食动物结构基因组、功能基因组和基因组进化研究。近期开展草食动物重要性状（肉用、奶用、毛用、产羔（犊）数、抗逆、抗病等）候选功能基因及最佳等位基因资源的定位、克隆与表达研究。
繁殖调控室：
开展草食动物繁殖生理、繁殖调控、胚胎工程技术研究与应用，加快草食动物繁殖，提高品种质量，增加个体生产水平。
产品分析室：
开展肉奶产品安全性检测、基因和营养调控功能性肉奶的机理，解决草食动物产品生产过程的相对安全性评价和生物技术追溯方法。近期开展肉、奶等产品兽药残留、重金属污染等快速检测方法，提供肉奶产品的动态检测结果，为草食动物生产提供基础资料。
转基因室：
条件成熟时启动草食动物转基因技术研究与应用，建立体细胞克隆和转基因体细胞克隆牛、羊等技术平台，应用草食动物的乳腺、血液、尿液、肌肉等器官组织为生物反应器，生产人们期望的特种生物产品（如药用蛋白）。
